BeyondLab

ūüĒ∂ Pourquoi CrisprCas9 change tout.

 

22 février 2021 /// Une innovation décryptée 

Peu de chemins
mènent à Stockholm

Ce numéro tout entier est consacré à une découverte qui révolutionne la biologie : baptisée Crispr-Cas9, elle a explosé médiatiquement avec le Nobel codécerné à Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier fin 2020.

Imaginez un instant passer de l’√©criture √† la plume √† celle sur ordinateur, avec toutes les fonctions associ√©es, dont le couper-coller. C’est le changement de paradigme qu’ont permis les travaux de ces deux chercheuses.

Bonne lecture,
Laurent de TheMetaNews

 PS  Exceptionnellement pas de numéro mercredi, retrouvez Lucile dès vendredi avec InsideLab.  Prochain OutsideLab : le 03 mars. 

Si vous n’avez que 30 secondes


Le BA.ba de l’√©dition de g√®nes en 5¬†min.

 

Avant de commencer, si vous ne saisissez¬†pas tout de l’utilisation de Crispr, jetez √† un¬†Ňďil √† cette vid√©o explicative tr√®s bien faite, sign√©e Wired.

Science sans conscience

Des ciseaux à utiliser avec précaution 

¬†Pourquoi un cadre √©thique √† l’utilisation de CrisprCas9 est indispensable.

Doigts de zinc ou mains d’argent¬†?
(voir l’encadr√© )
Interrogations cong√©nitales.¬†La cod√©couvreuse de CrisprCas9, Jennifer Doudna (voir encadr√©), s’est pos√©e tr√®s t√īt, d√®s 2015, la question des limites qu’il fallait poser √† son utilisation, notamment l’√©dition de g√©nomes humains. Quelques mois apr√®s, une √©tude chinoise controvers√©e publiait de premiers r√©sultats sur des embryons humains, appel√©s Lulu et Nana.

Eug√©nisme soft. Le chercheur He Jiankui a √©t√© condamn√© √† trois ans de prison¬†pour cette exp√©rimentation¬†hors cadre, dont sont n√©s deux enfants suppos√©ment r√©sistants au VIH et qui seraient aujourd’hui √Ęg√©es de 3 ans. De plus, Lulu et Nana¬†pourraient √©ventuellement transmettre cette caract√©ristique √† leur descendance.

Crispr babies.¬†En attendant d’avoir plus de recul, la communaut√© scientifique appuie¬†des deux pieds sur le frein, comme¬†pr√©conis√© par¬†un panel international¬†en¬†septembre dernier.¬†L’Organisation mondiale de la sant√© travaille √©galement depuis 2019¬†√† un registre des¬†travaux sur¬†les embryons humains. Le futur, c’est aujourd’hui.

 La liste des applications de Crispr-Cas9 est potentiellement infinie  ; la technologie est utilisée dans près de 3000 laboratoires dans le monde à des fins diverses (comme étudier le cerveau de Néanderthal) mais surtout par une myriade de startup en medtech ou en biotech, ce qui laisse espérer le meilleur pour les années à venir.

Avec Crispr-Cas9, le temps s’acc√©l√®re
Pour √©diter un g√®ne (ajouter ou enlever des s√©quences), les chercheurs ont d√©sormais trois solutions : les¬†nucl√©ases √† doigt de zinc, Talen… et Crispr-Cas9 depuis une demi-douzaine d’ann√©es. Si vous voulez briller, sachez que Crispr signifie¬†Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats.¬†Chacune a des inconv√©nients mais Crispr-Cas9 a deux avantages certains ¬†: sa facilit√© d’utilisation et sa¬†rapidit√© : de¬†10 √† 100 fois plus v√©loce que ses pr√©d√©cesseurs.¬†Son travail de coupe conna√ģt¬†n√©anmoins des rat√©s, comme le pointaient des chercheurs d√®s 2018.

Tout vient de la paillasse

Les trois frenchies derrière Crispr

L’histoire de Crispr-Cas9 est un long roman qui passe par l’Hexagone.

Chauvinisme express

Travail d’√©quipe.¬†Si l’histoire populaire ne retiendra qu’Emmanuelle Charpentier et Jennifer Doudna pour la d√©couverte de CrisprCas9 avec ce papier fondateur, elles n’ont pas chemin√© seules. Outre les travaux pionniers d’Atsuo Nakata sur le sujet¬†(voir encadr√© ),¬†Rodolphe Barrangou et Philippe Horvath, co r√©cipiendaires en 2016 du prix Gairdner¬†(le¬†¬ę b√©b√© Nobel¬†¬Ľ), ont √©galement jou√© un r√īle de premier plan dans cette d√©couverte

Agroalimentaire…¬†Ces deux autres frenchies ont des profils moins ¬ę¬†acad√©miques ¬Ľ que leurs consŇďurs : Philippe Horvath a rapidement rejoint le groupe agroalimentaire Rhodia (rachet√© par le danois Danisco en 2004) apr√®s sa th√®se en 2000 pour travailler sur les ferments lactiques. Idem pour son cadet de cinq ans Rodolphe Barrangou d√©bauch√© lui par Danisco en 2005… avant que Danisco soit absorb√© par le g√©ant DuPont¬†en 2011 et par IFF il y a quelques jours.

…mon cher Watson.¬†Mais pourquoi se sont-ils int√©ress√©s √† Crispr ? Initialement pour fabriquer des yaourts. Les ferments √† l’origine de nos produits laitiers utilisent en effet CrisprCas9 pour se d√©fendre contre leur pr√©dateur naturel, des virus appel√©s bact√©riophages. Danisco s’empresse √† partir de 2005 de d√©poser une vol√©e de brevets autour de CrisprCas9 avant que les deux frenchies, pourtant chercheurs dans le priv√©, ne publient leur d√©couverte dans Science. La cons√©cration. Et le d√©but d’une longue histoire.

¬†The rest is history¬†¬†¬†La communaut√© Crispr ‚ÄĒ qui se r√©unit tous les ans lors d’un CrisprCon ‚ÄĒ devient subitement beaucoup plus nombreuse et affine ce proc√©d√© aux applications vertigineuses (voir plus bas). En 2018, pas moins de 1300 publications mentionnaient Crispr.

Trombinoscope (non exhaustif) de Crispr
¬†Emmanuelle Charpentier¬†¬†Chercheuse¬†√† la carri√®re internationale¬†et au franc parler certain, elle simplifie¬†CrisprCas9 avec Jennifer Doudna pour en faire un outil d’√©dition g√©n√©tique. Nobel, bien s√Ľr.

¬†Jennifer Doudna¬†¬†La cor√©cipiendaire du Nobel Crispr, chercheuse √† Berkeley, elle s’est tr√®s t√īt inqui√©t√©e des applications de CrisprCas9 et l’a narr√©¬†dans ce r√©cit √† la premi√®re personne.

¬†Philippe Horvath¬†¬†Apr√®s un doctorat √† Strabourg, ce chercheur a fait toute sa carri√®re dans le priv√© et a d√©pos√© 62 brevets li√©s √† la technologie Crispr qu’il a contribu√© √† faire √©merger.

¬†Rodolphe Barrangou¬†¬†Collaborateur de Philippe Horvath chez Danisco, il est maintenant professeur √† l’universersit√© de Caroline du Nord et r√©dacteur en chef du Crispr Journal depuis sa cr√©ation.

 Atsuo Nakata  Ce pionnier de Crispr a publié en 1987 un papier fondateur sur ces obscures séquences génétiques qui, 30 ans plus tard, sont en train de révolutionner la biologie. 

¬†Des infos en vrac¬†¬†¬†Un podcast sur les chercheurs entrepreneurs a √©t√© r√©alis√© par des √©tudiants du master 2 CCST de l’Universit√© Grenoble Rh√īne Alpes et le r√©sultat de leurs travaux est √† √©couter ici¬†////////////¬†Si vous vous int√©ressez aux questions d’innovation, la journ√©e du 24 f√©vrier est √† marquer d’une pierre blanche : √† 10h30, vous avez rendez-vous avec le Cnes et le R√©seau Curie sur le th√®me des brevets ou logiciels mis √† disposition par ces deux institutions¬†et √† 17h30 rendez-vous avec BPIfrance pour les r√©sultats d’une √©tude sur la ¬ę¬†troisi√®me mission des universit√©s ¬Ľ, r√©alis√©e par Val√©rie M√©rindol¬†///////////

Ils parlent d’inno (alors on vous en parle)

Et pour finir
‚ÄĒ

Les capacit√© d’√©dition du g√©nome de CrisprCas9 sont tellement puissantes¬†qu’elles permettent des fantaisies, comme l’int√©gration de ce Gif au sein d’une bact√©rie. Plus s√©rieusement, il est maintenant possible¬†stocker des informations dans l’ADN.

 

 

 

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