BeyondLab

ūüĒ∂ L’aventure int√©rieure du microbiote

 

 

31 mai 2021 | Une innovation décryptée 

10 000 milliards
d’amis

Ce chiffre un peu abstrait est le nombre de bact√©ries avec lesquelles nous cohabitons en permanence. Une cohabitation qui n’avait rien d’√©vident jusqu’√† ce que la recherche s’en empare.

Pass√© les poncifs du ¬ę deuxi√®me cerveau ¬Ľ ou les tentatives de r√©cup√©ration mercantile, ce domaine de recherche arrive aujourd’hui aux portes de la th√©rapeutique, apr√®s des ann√©es de travail discret.

Bonne lecture,
Laurent de TheMetaNews

¬†PS¬†¬†Merci √† Nathalie Vignolle, Fran√ßois Trottein, Stanislas Desjonqu√®res et √† la fondation Biocodex (l’ordre est al√©atoire) d’avoir pris le temps d’explorer le sujet avec moi.

Si vous n’avez que 30 secondes
  • On commence par un sch√©ma, pour changer
  • Comment le microbiote a fait¬†flor√®s (intestinale)
  • Un chiffre plut√īt qu’un long discours
  • Le microbiote est-il une¬†r√©volution ? Par¬†Stanislas Desjonqu√®res
  • Un trombinoscope¬†de pionniers
  • Et pour finir


5 min de lecture en pleine lumière (intestinale)

Commençons par une image, pour changer. Voici une carte des microbiotes du corps humain, répartis sur tout notre corps. Dans ce numéro, il sera principalement question du microbiote intestinal, le plus étudié. En couleur, les différentes souches de bactéries (détails et source)

 Tout vient de la paillasse 
Comment le microbiote a fait florès

Longtemps m√©sestim√©, l’impact du microbiote sur la sant√© humaine fait aujourd’hui la une. L’aboutissement de dizaines d’ann√©es de recherche.

Le petit peuple des villosités
(vue d’artiste)

Lumi√®res intestinales. L’influence de la population microbienne de notre corps (en particulier celle de l’intestin) n’est pas une pr√©occupation r√©cente, puisqu’elle remonte a minima au XIXe si√®cle.¬†Longtemps purement descriptive, la recherche sur le microbiote a connu une acc√©l√©ration ces derni√®res ann√©es. Verrous techniques. Jusqu’au tournant des ann√©es 2000, la recherche √©tait en effet frein√©e par la¬†culture tr√®s complexe¬†de ces bact√©ries qui doivent √™tre priv√©es d’oxyg√®ne. Mais la r√©volution ADN est pass√©e par l√†, comme le pr√©cise Nathalie Vergnolle :

¬ę La possibilit√©¬†de s√©quencer le microbiote a permis de lever les verrous : il √©tait devenu faisable de cartographier¬†sa composition. Cela a pouss√© les chercheurs √† √©tudier les bact√©ries esp√®ces par esp√®ces¬†¬Ľ¬†

R√©volution. Deux projets de s√©quen√ßage, √† la suite de celui du g√©nome humain, marquent ce tournant¬†vers la big data :¬†Le Human Microbiome Project (HMP) d√®s 2007 aux Etats-Unis, MetaHIT en Europe entre 2008 et 2012, men√© par l’Inrae. De purement descriptive, la recherche devient fonctionnelle, s’acc√©l√®re et se diversifie.

Organe ubiquitaire.¬†L’√©vidence s’impose : quand on r√©implante un microbiote d’un individu √† un autre, certaines pathologies suivent, comme dans cette √©tude pionni√®re sur l’ob√©sit√©¬†chez la souris. Le microbiote serait impliqu√© dans une liste de de maladie qui donne le vertige : cancer, maladies inflammatoires, allergie, ost√©oporose, Alzheimer…

L’air du temps.¬†Les publis se multiplient √† vitesse exponentielle dans les ann√©es 2010, comme en t√©moigne un chercheur, connaisseur du secteur :

¬ę Le microbiote √©tant “√† la mode”, les scientifiques se sont pr√©cipit√©s dessus ; on en revient aujourd‚Äôhui. Editeurs et reviewers sont plus prudents et les √©tudes qui sortent sont plus solides ¬Ľ

Ce qui reste √† faire.¬†Si de nombreux espoirs sont permis (‚Ėľ voir interview ‚Ėľ), les th√©rapies li√©es au microbiote doivent encore faire leurs preuves. Une seule est aujourd’hui autoris√©e dans le traitement d’infections intestinales r√©sistantes, d’autres arriveront en adjuvant des traitements¬†de certains cancers ou d’infections √† Helicobacter Pylori. Ce n’est que le d√©but, la France √©tant bien positionn√©e dans le secteur.

 Pour aller plus loin.  Si vous vous intéressez au sujet, prenez le temps de regarder ce docu de référence. Des actus scientifiques et techniques peuvent aussi être dénichées ici.

Des chiffres plut√īt qu’un long discours

¬†1,3 milliard d’euros¬†¬†

La recherche li√©e aux microbiotes, rest√©e longtemps fondamentale √† cause de certaines limitations techniques (voir article ‚Ė≤), a franchi r√©cemment les √©tapes vers le march√©. 300 start-up environ ont √©t√© cr√©√©es ces dix derni√®res ann√©es au niveau mondial et 111 millions d’euros ont √©t√© lev√©s en 2020 dans l’Hexagone pour un march√© total estim√© √† 1,3 milliards d’euros. Parmi ces start-up, quelques “stars” hexagonales (Enterome, Maat pharma…), la France et les USA √©tant en pointe sur ces sujets. Deux cat√©gories d’industriels lorgnent sur le secteur : l’agroalimentaire (Danone, Nestl√©…), historiquement pr√©sent sur l’aspect pr√©vention, ainsi que l’industrie pharmaceutique.

Trois questions √†… Stanislas Desjonqu√®res¬†

¬ę¬†Les vraies r√©volutions sont silencieuses ¬Ľ

Il a fondé Nexbiome, un incubateur privé de candidats médicaments liés au microbiote, il analyse le secteur. 

Le microbiote est aujourd’hui populaire mais √† quoi est d√Ľ ce¬†succ√®s ?

Le succ√®s des th√©rapies li√©es au microbiote tient √† une poign√©e de facteurs tous r√©unis aujourd’hui : la demande des consommateurs, tout d’abord, qui sont en demande de naturalit√©. Notre environnement interne est peupl√© de bact√©ries. Une recherche dynamique, ensuite : celle sur le microbiote l’est, vous pouvez le v√©rifier sur PubMed. Enfin des financements priv√©s sont aujourd’hui au rendez-vous et des solutions techniques existent, comme le s√©quen√ßage √† haut d√©bit ou la bioinformatique.

En quoi les thérapies liées au microbiote diffèrent des autres médicaments ?
On a, il est vrai, affaire à une nouvelle catégorie de produits, différents de ceux qui les précèdent, comme les vaccins, les antibiotiques ou les génériques, mais ce sont bien des médicaments. Des centaines de pathologies sont concernées, dans quatre domaines en particulier : infectiologie, immunité, système nerveux central et les maladies inflammatoires. Après des années de recherche fondamentale, on se rend compte que le microbiote est à la fois le problème et la solution.

Est-ce une autre manière de guérir ?
Les vraies r√©volutions sont silencieuses. Contrairement √† la grande majorit√© des m√©dicaments, curatifs, les th√©rapies bas√©es sur le microbiote apporteront une valeur pr√©ventive et j’estime qu’il s’agit d’une nouvelle approche de la m√©decine. Mais ces th√©rapies seront tout de m√™me jug√©es par les autorit√©s sanitaires comme les autres m√©dicaments, au travers de leur efficacit√©, de leur s√©curit√© et de l’am√©lioration du service m√©dical rendu. Cela ne changera pas.

¬†Des infos en vrac¬†¬†BPIfrance et Phdtalent d√©voilent les r√©sultats de leur barom√®tre Jeunes chercheurs et entrepreneuriat Deeptech le 15 juin prochain de 14h √† 15h15 (et votre serviteur animera)¬†¬†/////////// Entrepreneuriat toujours, cette fois-ci c√īt√© √©tudiants,¬†la date limite de d√©p√īt des candidatures pour les prix P√©pite est fix√©e au 30 juin prochain¬†///////////

Une affaire de pionniers

¬†L’incontournable.¬†¬†Le p√®re fondateur de la vaccination et ic√īne fran√ßaise de la science a √©galement men√© des r√©flexions sur le r√īle du microbiote dans la digestion d√®s 1885… interrompues par ses travaux sur les vaccins. Bien lui en a pris.

¬†Le frenchie (1).¬†¬†¬†Stanislav Dusko Ehrlich est un¬†chercheur d’origine croate, il¬†a d√©velopp√© cette discipline encore confidentielle au sein de l’Inrae qu’il a rejoint en 1986 et a¬†a contribu√© √†¬†un projet europ√©en¬†de d√©cryptage du g√©nome du microbiote, fondamental¬†pour la discipline : MetaHIT.

¬†Le frenchie (2).¬†¬†Outre ses travaux fondamentaux (notamment sur les maladies mentales)¬†depuis les ann√©es 80, ce¬†chercheur de l’Inrae a r√©ussi √† populariser ce domaine de recherche.¬†Ce portrait pr√©cise qu’il aime faire son propre vin et ses fromages (une d√©formation professionnelle ?).

¬†Et tous les autres.¬†¬†De nombreux scientifiques ont √©videmment mis leur pierre √† l’√©difice. Parmi eux : Willem De Vos¬†ou¬†Martin Blaser √† l’international, en France, les noms¬†d’Harry Sokol (form√© par Jo√ęl Dor√©), de Philippe Seksik, Karine Cl√©ment¬†ou¬†Patricia Lepage¬†(etc) font r√©f√©rence.

Ils parlent d’inno (alors on vous en parle)

Et pour finir
‚ÄĒ

Voici une preuve, s’il en fallait, que¬†la recherche avance¬†parfois de mani√®re incongrue. La migration des cigognes a ainsi longtemps √©t√© un myst√®re, jusqu’√† ce que ce sp√©cimen (et d’autres) soit captur√©¬†avec une pointe de fl√®che tribale venant d’Afrique fich√©e dans le cou.

 

 

 

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